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现任中国医学科学院、协和医科大学肿瘤医院临床药理机构和国家新药（抗肿瘤药）临床研究中心主任，亚洲临床肿瘤学会主席，中国癌症研究基金会副主席、中国抗癌学会临床肿瘤学（CSCO）指导委员会主任委员等。
“在肿瘤的治疗中抱着盲目悲观和无所作为的态度，将被历史证明且永远被证明是错误的，人类一定能够最终战胜和控制癌症”。作为中国肿瘤内科（即以化疗为主治疗癌症）的学科开创者孙燕院士如是说。
孙燕还说：“作为一个中国人，我虽然学的是西医，我对中西医结合情有独钟。中西医是两种卫生保健体系，在历史上各自做出过卓越贡献。中医重要是一个伟大的宝藏，经受过历史的洗礼。和西医相比，中医从整体的角度认识疾病发生的条件，强调防病，‘治未病’、阴阳、正邪论是唯物辩证的；中医认识到正虚是疾病的中药内因要比西医早千年；正虚学说业已被现代医学认识和承认；而调控是21世纪医学的重要组成部分。
他的观点是要明确的把中医药列为继手术、放疗、化疗之后的第四大疗法。他认为中医药的辅助治疗地位不容忽视。研究证明：运用中医药疗法，对延长患者寿命，改善症状，特别是消除放化疗的副反应有着非常显著的效果。
孙燕提出了“驱邪——扶正——强化治疗——扶正”的中国模式，即在充分降低肿瘤负担以后，采取一切可能的方法提高病人的免疫功能以达到治愈。
他认为，肿瘤内科学是一门发展中的学科，我们应该将分子生物学、单克隆抗体、化学预防、中医药调节以及基因治疗等方法综合运用，探索出一条中西融合解决癌症和其他疾病的有效方法，做出我们民族的贡献。
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